Der Frage nach tieferliegenden Verursachungen von Dyskalkulie wird seitens verschiedener wissenschaftlicher Fachrichtungen unterschiedlich nachgegangen. Im Gegensatz zur Erforschung der Legasthenie steht die Dyskalkulieforschung noch am Anfang.
Es sind abweichende Wahrnehmungs- und Merkfähigkeitsfunktionen benannt worden, Hirnreifestörungen, allgemeine Entwicklungsstörungen sowie eine mangelnde Fähigkeit zu Konzentration, Vorstellung bzw. Abstraktion. Man geht von genetischer Veranlagung aus, aber auch von psychosozialen und didaktischen Faktoren. Auf der Basis des in den letzten Jahren gereiften Wissens um neuropsychologische und neurophysiologische Abläufe im Gehirn sieht man die Verursachung auch in der nicht „gehirngerechten“ Steuerung von mathematischen Lernprozessen.